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現(xiàn)在的東湖醫(yī)院占地面積2.6萬平方米，有門診部、20多層的住院樓、肝病研究所、宿舍樓等，承擔著深圳市傳染病的臨床醫(yī)療、教學和科研任務，成為深圳、香港、澳門、珠海地區(qū)唯一的市屬傳染病?？漆t(yī)院。
醫(yī)院現(xiàn)有各類專業(yè)技術(shù)人員270人，其中主任醫(yī)師19人，副主任醫(yī)師69人，博士后1人，博士10人，碩士35人，博士生導師2人，碩士生導師11人，享受國務院政府津貼專家3人，省、市學科帶頭人8人。廣東省“五個一工程”傳染病學術(shù)帶頭人1人，中國中西醫(yī)結(jié)合傳染病學會主任委員1名，廣東省傳染病與寄生蟲學會副主任委員1名，深圳市傳染病與寄生蟲學會主任委員1人，廣東省中西醫(yī)結(jié)合學會肝病委員會副主任委員1名，中華醫(yī)學會深圳分會醫(yī)院感染學會主任委員1人。
醫(yī)院現(xiàn)有門診部、住院部、體檢中心和醫(yī)技科室。住院部設有肝病科(內(nèi)含重肝病中心、中西醫(yī)結(jié)合肝病區(qū)、普通肝病區(qū)、特診肝病區(qū)六個病區(qū)等)、感染病科(內(nèi)含感染病區(qū)與艾滋病區(qū))，肺病科(內(nèi)含肺結(jié)核與呼吸內(nèi)科病區(qū))，門診部按二級綜合醫(yī)院要求設置，含內(nèi)、外、婦、兒、中醫(yī)、皮膚、康復理療、骨科等，住院部按傳染病三級醫(yī)院標準設置。醫(yī)技科室有檢驗、B超、放射科等。
1996年以東湖醫(yī)院為依托成立深圳市肝病研究所，設有分子生物室、病毒室、免疫室、病理室、細胞室等。
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