非器質(zhì)性遺糞癥病因主要包括生理因素，排便訓(xùn)練不良，心理社會因素，生理學(xué)因素等因素或者是幾種因素共同作用的結(jié)果。
第一生理學(xué)因素。目前非器質(zhì)性遺糞癥患兒的生理學(xué)機制不清楚，主要針對便秘和溢出性失禁的生理學(xué)基礎(chǔ)，非器質(zhì)性遺糞癥患者在直腸肛門功能的紊亂，大約75%的非器質(zhì)性遺糞癥患兒在排便過程中出現(xiàn)肛門痙攣及排便過程中，肛門外括約肌不能松弛從而影響正常的排便。
第二就是排便訓(xùn)練不良。非器質(zhì)性遺糞癥與兒童的不良排便訓(xùn)練有關(guān)系，過早過晚或者是過于嚴厲的排便訓(xùn)練都會導(dǎo)致兒童出現(xiàn)，排便功能紊亂從而出現(xiàn)大便失禁或者是不適當?shù)牡攸c大便的情況。
第三是心理社會因素和環(huán)境因素。繼發(fā)性非器質(zhì)性遺糞癥和心理社會因素和環(huán)境因素的關(guān)系非常密切，比方說母子分離、父母離異、同胞競爭、學(xué)校開學(xué)、遭受自然災(zāi)害、性侵犯、性虐待等等，可能和部分患兒的發(fā)病有關(guān)系，家庭環(huán)境父母與子女的關(guān)系不良與非器質(zhì)性遺糞癥的發(fā)生也有一定的關(guān)系。
