病程較長(zhǎng)，病情嚴(yán)重的病人，可有局部和全身的并發(fā)癥。其中局部并發(fā)癥較為常見，約占1/4，全身并發(fā)癥不多見小于10%，本病常見的并發(fā)癥有：
(1)中毒性結(jié)腸擴(kuò)張：在急性活動(dòng)期發(fā)生，發(fā)生率約2%，病變多見于乙狀結(jié)腸或橫結(jié)腸。
(2)潰瘍穿孔：在結(jié)腸擴(kuò)張基礎(chǔ)上易引起潰瘍穿孔并發(fā)急性彌漫性腹膜炎。
(3)潰瘍出血：因潰瘍累及血管發(fā)生出血外，低凝血酶原血癥亦是一個(gè)重要原因。往往因出血量大而需要治療。
(4)癌變：癌變的發(fā)生與疾病時(shí)限和病變范圍有關(guān)，病程越長(zhǎng)，范圍越廣，癌變?cè)蕉?。發(fā)生率約5%，比無(wú)結(jié)腸炎者高10倍，多見于結(jié)腸炎病變累及全結(jié)腸、幼年起病和病史超過(guò)10年者。
(5)結(jié)腸狹窄和腸梗阻：修復(fù)過(guò)程中，大量纖維組織形成的瘢痕可引起結(jié)腸狹窄和腸梗阻，多見于結(jié)腸遠(yuǎn)端。
