低位肛瘺和高位肛瘺區(qū)別在于病程位置，治療難度，術(shù)后復(fù)發(fā)率，患者痛苦程度，以及術(shù)后肛門功能的影響等不同。
1、病程位置：
低位肛瘺主要發(fā)生在肛門中線以下，臨床上主要表現(xiàn)為肛門附近有一個或多個小的瘺口，排出膿液或者便便。而高位肛瘺則主要發(fā)生在肛門中線以上，可能涉及到直腸、肛門提肌等部位。
2、治療難度：
低位肛瘺的治療相對簡單，通過手術(shù)切除瘺管，保持傷口清潔，就能夠達(dá)到治療的目的。而高位肛瘺的治療則相對復(fù)雜，除了需要切除瘺管外，還需要保護(hù)周圍的直腸、肛門提肌等重要結(jié)構(gòu)，避免影響患者的排便功能。
3、術(shù)后復(fù)發(fā)率：
低位肛瘺由于病程相對簡單，術(shù)后復(fù)發(fā)率較低。而高位肛瘺由于病程復(fù)雜，涉及到的組織多，術(shù)后復(fù)發(fā)率較高。
4、患者痛苦程度：
低位肛瘺的癥狀較輕，患者痛苦程度較小。而高位肛瘺的癥狀較重，患者痛苦程度較大。
5、術(shù)后肛門功能的影響：
低位肛瘺的治療通常不會影響肛門功能。而高位肛瘺的治療由于可能涉及到直腸、肛門提肌等部位，可能會影響到患者的排便功能。
